La celiaquia es una enfermedad autoinmune, crónica, y sistémica pues puede afectar a diferentes partes del cuerpo y no únicamente al aparato digestivo. Al entrar en contacto con el gluten , ciertas personas genéticamente predispuestas sufren un proceso de inflamación intestinal que atrofia los pelitos en los que tiene lugar la absorción de los nutrientes (vellosidades intestinales), llegando incluso a «desaparecer» si la atrofia es muy importante.
Cuando una proteína que forma parte del gluten, la gliadina, llega al intestino; atraviesa su pared y se une a una sustancia que tenemos en nuestros tejidos llamada transglutaminasa. El producto que resulta de esta unión es reconocido como extraño por nuestro cuerpo y nuestras células de defensa (los linfocitos) producen anticuerpos contra él.
Los anticuerpos producen inflamación en el intestino como medio de defensa ante la mezcla de gliadina y transglutaminasa.
La mayor parte de la absorción de los nutrientes tiene lugar en el intestino delgado, por lo tanto, el que no estén estos pelitos en perfecto estado tiene una importante repercusión sobre el organismo del individuo celíaco, dando lugar a que aparezcan carencias.
Aunque esta enfermedad inflamatoria y autoinmune se origina en el intestino delgado, puede afectar a otros órganos y otras partes del cuerpo, debido a que los anticuerpos no se quedan solo en el intestino, sino que a través de la sangre viajan a otras partes del cuerpo, como por ejemplo la piel, en donde produce la dermatitis herpetiforme.
Otro problema importante es que se generan una especie de «agujeritos» entre las células que forman los pelitos o vellosidades intestinales (los enterocitos), por los cuales pueden atravesar la pared intestinal sustancias demasiado grandes que antes no podrían haber pasado tales como tóxicos, virus , proteinas de gran tamaño o bacterias, dando lugar a una reacción inflamatoria del organismo para luchar contra ellas, Tendremos en este momento un «intestino permeable» o «intestino agujereado».
Con el intestino en este estado se genera un alto nivel de tóxicos en el cuerpo (endotoxemia), que provoca un aumento del estado inflamatorio que ya de por si está causando el gluten. La lucha de nuestros anticuerpos pasa a extenderse a diferentes partes de nuestro cuerpo dando lugar a que surjan enfermedades asociadas a la celiaquía , como pueden ser la intolerancia a lo lactosa, Diabetes Mellitus tipo I, Síndrome de Sjögren, Psoriasis, Lupus eritematoso, por citar algunos ejemplos.
También pueden surgir complicaciones de la celiaquía por efecto de la inflamación continuada, como diferentes tipos de carcinomas y el linfoma no-Hodgkin
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